Posebni postupak oporezivanja putničkih agencija (dalje u tekstu: posebni postupak) propisan je odredbama članaka 91. do 94. Zakona o porezu na dodanu vrijednost (Narodne novine, broj 73/13, u daljnjem tekstu:Zakon). Posebni postupak primjenjivat će putničke agencije koje posluju s putnicima u svoje ime, a koriste isporuke dobara i usluge drugih poreznih obveznika pri obavljanju usluga putovanja. Stoga u slučaju da putnička agencija koristi vlastiti autobus za prijevoz putnika, takva usluga ne ulazi u posebni postupak te se na nju obračunava PDV prema redovnom postupku oporezivanja. Posebni postupak oporezivanja putničke agencije primijenjuju samo kad obavljaju usluge putnicima u svoje ime koristeći usluge drugih poreznih obveznika i taj postupak nije opcionalan, odnosno porezni obveznik ne može birati između posebnog postupka i redovnog postupka oporezivanja.
Pristupanjem Republike Hrvatske Europskoj uniji 01. srpnja 2013., uz već propisane posebne postupke oporezivanja za male porezne obveznike i posebni postupak oporezivanja marže za rabljena dobra, umjetnička djela, kolekcionarske ili antikne predmete, propisuje se, između ostalog, i posebni postupak oporezivanja putničkih agencija.
Posebni postupak oporezivanja putničkih agencija (dalje u tekstu: posebni postupak) propisan je odredbama članaka 91. do 94. Zakona o porezu na dodanu vrijednost (Narodne novine, broj 73/13, u daljnjem tekstu:Zakon). Posebni postupak primjenjivat će putničke agencije koje posluju s putnicima u svoje ime, a koriste isporuke dobara i usluge drugih poreznih obveznika pri obavljanju usluga putovanja. Stoga u slučaju da putnička agencija koristi vlastiti autobus za prijevoz putnika, takva usluga ne ulazi u posebni postupak te se na nju obračunava PDV prema redovnom postupku oporezivanja. Posebni postupak oporezivanja putničke agencije primijenjuju samo kad obavljaju usluge putnicima u svoje ime koristeći usluge drugih poreznih obveznika i taj postupak nije opcionalan, odnosno porezni obveznik ne može birati između posebnog postupka i redovnog postupka oporezivanja.
Posebni postupak se ne primjenjuje kada putničke agencije djeluju samo kao posrednici, odnosno u ime i za račun druge osobe i poreznu osnovicu izračunavaju na temelju odredbi članka 33. stavka 3. Zakona te naplaćuju samo uslugu posredovanja. Prema odredbama članka 91. Zakona putničkim agencijama smatraju se organizatori putovanja (tzv. turoperatori). Međutim posebni postupak ne odnosi se samo na putničke agencije i turoperatore, već i na sve ostale osobe koje se bave prodajom putovanja te nije bitno tko obavlja uslugu već da se radi o uslugama u vezi s putovanjem koju porezni obveznici obave izravno putnicima. Također nije nužno da se određena pravna osoba registrira kod nadležnog suda kao putnička agencija da bi se usluge koje obavlja oporezivale prema posebnom postupku. To mogu biti na primjer i škole, odnosno fakulteti (koji organiziraju npr. razmjene studenata) koji prodaju putovanja u svoje ime, a koriste usluge drugih poreznih obveznika pri prodaji. Posebni postupak se primjenjuje i u slučaju kad porezni obveznik organizira tečajeve stranog jezika u inozemstvu i pri tome u svoje ime obavlja usluge organizacije putovanja sa smještajem, prijevozom, pohađanjem tečaja i drugim uslugama.
Usluge koje putničke agencije nabavljaju od drugih poreznih obveznika mogu biti usluge prijevoza, smještaja u hotelu, usluge turističkog vodiča, ulaznica za koncerte i muzeje i slično. Člankom 187. Pravilnika o porezu na dodanu vrijednost (Narodne novine, broj 79/13 i 85/13) propisano je da se posebni postupak oporezivanja primjenjuje ako porezni obveznik u svoje ime obavlja organizaciju putovanja, a organizator putovanja pribavlja putniku najmanje dvije usluge koje se sastoje od prijevoza, smještaja ili drugih turističkih usluga koje čine cjelinu. Međutim, za primjenu posebnog postupka oporezivanja bitno je da se obavlja jedna od usluga vezana uz putovanje kao što su smještaj ili prijevoz, dok druga usluga može biti samo davanje informacija o putovanju ili sama usluga organizacije putovanja koju porezni obveznik naplaćuje kroz iznos naknade za uslugu putovanja. To znači da se poseban postupak ne može primjeniti za prodaju ulaznica za koncert, a da se pri tome ne pruža i osnovna usluga putovanja.
